El clima en el departamento es variado. Frío glaciar en las grandes altitudes tropicales, con temperaturas negativas a lo largo de todo el aÑo, salvo en momentos del día con fuerte insolación, en que se producen temperaturas positivas, presencia de hielo y nieve, atmósfera bastante seca por la baja humedad del aire. Es típico de muy alta montaÑa andina o zona de glaciares.

Frío de alta montaÑa tropical en las punas de mayor altitud, con temperaturas positivas durante el día y negativas en las noches, cuando el termómetro baja hasta 25 °C bajo cero, como ocurre en la estación de Imata en los andes del Sur.

Frío templado, en las punas más bajas y las vertientes andinas que delimitan estas mesetas, con temperaturas positivas durante el día y negativas nocturnas en la estación de invierno principalmente.
Templado de altitud tropical, entre los 2000 a 3500 m.s.n.m. Es el clima ideal para el poblador, pues por sus características de insolación diurna constante, con temperaturas máximas de hasta 29° C, mínimas nocturnas entre 7 °C y 4,4 °C bajo cero en el invierno, sequedad de la atmósfera, precipitaciones estaciónales, han hecho que este clima sea saludable y goce de justa fama tanto nacional como internacional.

Templado, cálido de montaÑas tropicales, con temperaturas máximas diurnas de hasta 33 °C y noches bastante frescas con mínimas comprendidas entre 12 °C y 2,5 °C. Corresponde a los fondos del valle. Allí las precipitaciones se incrementan de acuerdo a la orientación de los valles y la presencia de relieves que actúan como barreras climáticas.

En la Ceja de Selva, este tipo de clima se caracteriza además por la nubosidad constante que cubre los bosques, o con las neblinas constantes en altas vertientes.

Finalmente y al Este, el clima tropical, húmedo y lluvioso que corresponde a las zonas de Tingo María, Monzón y Puerto Inca, en los valles de los ríos Huallaga los dos primeros y el de Pachitea el último.

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